1979年頒布的中國環保法(試行)確立了排污費制度，現行環保法對此進行了延續。2003年~2015年，全國累計征收排污費2115.99億元。排污費制度對于防治環境污染發揮了重要作用，但與稅收制度相比，排污費制度存在執法剛性不足、地方政府和部門干預較多等問題，因此有必要進行環境保護費改稅。制定環境保護稅法將有利于從根本上解決現行排污費制度存在的執法剛性不足、行政干預較多、強制性和規范性較為缺乏等問題，有利于促進形成治污減排的內在約束機制，有利于推進生態文明建設、加快經濟發展方式轉變。為實現排污費制度向環境保護稅制度的平穩轉移，草案根據現行排污費項目設置稅目，將排污費的繳納人作為環境保護稅的納稅人，將應稅污染物排放量作為計稅依據，將現行排污費收費標準作為環保稅的稅額下限。

草案規定環境保護稅的納稅人為在中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，直接向環境排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者(2條)。

企業事業單位和其他生產經營者向依法設立的污水集中處理、生活垃圾集中處理場所排放應稅污染物，繳納處理費用的，由于其不直接向環境排放應稅污染物，不繳納相應污染物的環境保護稅;在符合國家或者地方環境保護標準的設施、場所貯存或者處置固體廢物的，不繳納固體廢物的環境保護稅(第四條)。

與現行排污費制度的征收對象相銜接，草案規定環境保護稅的征稅對象為大氣污染物、水污染物、固體廢物和噪聲等4類(第三條)，具體稅目、稅額依照本法所附《環境保護稅稅目稅額表》執行(第六條款)。自本法施行之日起，依照本法規定征收環境保護稅，不再征收排污費(2條)。

同時，省、自治區、直轄市人民政府根據本地區污染物減排的特殊需要，可以增加同一排放口征收環境保護稅的應稅污染物種類數，報同級人大常委會決定，并報全國人大常委會和國務院備案(第九條)。每種應稅大氣污染物、水污染物的具體污染當量值，依照本法所附《應稅污染物和當量值表》執行(第八條)。

草案以現行排污費收費標準作為環境保護稅的稅額下限，規定大氣污染物稅額為每污染當量1.2元;水污染物稅額為每污染當量1.4元;固體廢物按不同種類，稅額為每噸5元至1000元;噪聲按超標分貝數，稅額為每月350元至11200元。

同時，兼顧目前部分省、直轄市上調了排污費收費標準且有的省、直轄市收費標準較高的情況，規定省、自治區、直轄市人民政府統籌考慮本地區環境承載能力、污染物排放現狀和經濟社會生態發展目標要求，可以在《環境保護稅稅目稅額表》規定的稅額標準基礎上，上浮應稅污染物的適用稅額，報同級人大常委會決定，并報全國人大常委會和國務院備案。(第六條)

草案規定：納稅人應當依法如實辦理納稅申報，對申報的真實性和完整性承擔責任(第十九條);稅務機關依法征收管理，環境保護主管部門負責依法對污染物監測管理(第十四條);環境保護主管部門和稅務機關應當建立涉稅信息共享平臺和機制，定期交換有關納稅信息資料(第十五條)。此外，草案對環境保護稅應稅污染物計稅依據的確定方法(第七條)，應稅污染物的計算方法和順序(第十條)，應納稅額的計算方法(第十一條)等作了規定。征收環境保護稅不免除納稅人環境違法行為應承擔的民事責任、行政責任。

草案規定了5種免稅情形：一是為支持農業發展，對農業生產排放的應稅污染物免稅，但鑒于規模化養殖對農村環境威脅較大，未將其列入免稅范圍;二是考慮到現行稅制中已有車船稅、消費稅、車輛購置稅等稅種對機動車的生產和使用進行調節，因此，對機動車、船舶和航空器等流動污染源排放的應稅污染物免稅;三是對依法設立的城鎮污水集中處理、生活垃圾集中處理場所向環境達標排放的應稅污染物免稅，對工業污水集中處理場所不予免稅;四是為鼓勵固體廢物綜合利用，減少污染物排放，對納稅人符合標準綜合利用的固體廢物免稅;五是國務院批準免稅的其他情形。(第十二條款)為鼓勵企業通過采用先進技術減少污染物排放，草案規定：納稅人排放應稅大氣污染物和水污染物的濃度值低于國家或者地方規定的污染物排放標準50%的，減半征收環境保護稅。(第十三條)